2020年10月14日，習近平總書記強調要“加快橫琴粵澳深度合作區(qū)建設”。中共中央、國務院于2021年9月5日正式公布《橫琴粵澳深度合作區(qū)建設總體方案》，明確橫琴粵澳深度合作區(qū)實施范圍為橫琴島“一線”和“二線”之間的海關監(jiān)管區(qū)域，總面積約106平方公里。其中，橫琴與澳門特別行政區(qū)之間設為“一線”；橫琴與中華人民共和國關境內其他地區(qū)之間設為“二線”。

圍繞“促進澳門經(jīng)濟適度多元發(fā)展”這條主線，國家賦予合作區(qū)“促進澳門經(jīng)濟適度多元發(fā)展的新平臺、便利澳門居民生活就業(yè)的新空間、豐富‘一國兩制’實踐的新示范、推動粵港澳大灣區(qū)建設的新高地”四大核心戰(zhàn)略定位。合作區(qū)設定三個階段性發(fā)展目標，其中到2035年，“一國兩制”強大生命力和優(yōu)越性全面彰顯，合作區(qū)經(jīng)濟實力和科技競爭力大幅提升，公共服務和社會保障體系高效運轉，琴澳一體化發(fā)展體制機制更加完善，促進澳門經(jīng)濟適度多元發(fā)展的目標基本實現(xiàn)。合作區(qū)著力發(fā)展促進澳門經(jīng)濟適度多元的新產業(yè)，聚焦發(fā)展科技研發(fā)和高端制造產業(yè)、中醫(yī)藥等澳門品牌工業(yè)、文旅會展商貿產業(yè)和現(xiàn)代金融產業(yè)，對符合條件的產業(yè)企業(yè)按15%的稅率征收企業(yè)所得稅，對在合作區(qū)工作的境內外高端人才和緊缺人才，其個人所得稅負超過15%的部分予以免征。

合作區(qū)著力建設便利澳門居民生活就業(yè)的新家園，加快推進“澳門新街坊”建設，對接澳門教育、醫(yī)療、社會服務等民生公共服務和社會保障體系，推動全面放開澳門機動車便利入出合作區(qū)，推進基礎設施互聯(lián)互通，有效拓展澳門居民優(yōu)質生活空間。

合作區(qū)著力構建與澳門一體化高水準開放的新體系，實現(xiàn)貨物“一線”放開，“二線”管住，除國家法律、行政法規(guī)明確規(guī)定不予免（保）稅的貨物及物品外，其他貨物及物品免（保）稅進入，人員進出高度便利，創(chuàng)新跨境金融管理，建立高度便利的市場準入制度，促進國際互聯(lián)網(wǎng)資料跨境安全有序流動，實現(xiàn)與澳門人流、物流、資金流、資訊流等高效便捷流動。

合作區(qū)著力建立健全粵澳共商共建共管共享的新體制，建立合作區(qū)開發(fā)管理機構，粵澳雙方聯(lián)合組建合作區(qū)管理委員會，統(tǒng)籌決定合作區(qū)重大規(guī)劃、重大政策、重大專案和重要人事任免，組建合作區(qū)開發(fā)執(zhí)行機構，管理委員會下設執(zhí)行委員會，履行國際推介、招商引資、產業(yè)導入、土地開發(fā)、專案建設、民生管理等職能，做好屬地管理，合作區(qū)上升為廣東省管理，集中精力抓好黨的建設、國家安全、刑事司法、社會治安等工作。